Natural de Nagi, na província de Okayama, no Japão, o mangaká nasceu em 1974. Criador de Naruto, é um dos autores de mangá mais conhecidos do mundo.
Inspirado por Katsuhiro Otomo, autor de Akira, Masashi Kishimoto estudou numa faculdade de arte para seguir carreira nos quadrinhos japoneses. Em 1995, enviou à editora Shueisha o piloto Karakuri, que recebeu menção honrosa no prêmio Hop Step.
Naruto estreou na revista Weekly Shōnen Jump em 1999, com a história de um jovem ninja. Terminou em 2014, com 700 capítulos em 72 volumes, e rendeu animes, filmes e jogos.
Em 2020, o autor assumiu o roteiro de Boruto: Naruto Next Generations, a continuação da saga. Também criou Samurai 8, publicado entre 2019 e 2020.